Người Do Thái và đạo Do Thái giáo đã trải qua nhiều vụ khủng bố khác nhau trong những trang lịch sử Do Thái. Vào hậu kỳ cổ đại và thời Sơ kỳ Trung Cổ, Đế quốc La Mã (trong các giai đoạn sau này được gọi là Đế quốc Byzantine) đã đàn áp bách hại dân tộc Do Thái nhiều lần, trước tiên bằng cách trục xuất người Do Thái rời khỏi quê hương của họ trong thời kỳ La Mã cổ đại ngoại giáo, và sau đó chính thức áp đặt người Do Thái là công dân hạng nhì trong kỷ nguyên Thiên chúa giáo La Mã.[274][275]

Theo James Carroll, "Người Do Thái chiếm 10% tổng dân số của Đế quốc La Mã. Nếu tỷ lệ này không bị các yếu tố khác tác động, sẽ có 200 triệu người Do Thái trên thế giới, thay vì 13 triệu người Do Thái ngày nay".[276]

Sau đó trong Tây Âu thời trung cổ, những cuộc bức hại người Do Thái được khởi xướng bởi các Kitô hữu đã xảy ra, đặc biệt là trong các cuộc Thập Tự chinh - khi người Do Thái trên khắp nước Đức bị thảm sát - và một loạt các vụ trục xuất từ Vương quốc Anh, Đức, Pháp, và đợt trục xuất lớn nhất là ở Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha sau khi Reconquista (Cuộc cách mạng tái chiếm bán đảo Iberia), nơi mà cả hai người Do Thái Sephardi chưa được rửa tội và tầng lớp cai trị là người Hồi giáo Moors đã được trục xuất.[277][278]

Trong các tiểu bang của Đức Giáo hoàng, tồn tại cho đến năm 1870, người Do Thái được yêu cầu chỉ sống trong các khu phố riêng biệt được chỉ định gọi là ghettos.[279]

Hồi giáo và Do Thái giáo có một mối quan hệ phức tạp. Theo truyền thống, người Do Thái và Kitô hữu sống ở các vùng đất Hồi giáo, được gọi là dhimmis, người Do Thái và Kitô hữu được phép thực hành tôn giáo của họ và quản lý các công việc nội bộ của họ, nhưng người Do Thái và Kitô hữu phải tuân thủ theo một số điều kiện nhất định.[280] Người Do Thái và người Kitô hữu phải trả tiền thuế jizya (thuế bình quân đầu người được áp dụng đối với nam giới tự do mà không phải là người Hồi giáo) sinh sống ở trong nhà nước Hồi giáo.[280]

Dhimmis có vị thế thấp kém hơn dưới sự cai trị của người Hồi giáo. Họ có một số khuyết tật về mặt xã hội và về mặt pháp lý như cấm đối tượng mang vũ khí phòng thân hoặc đưa ra lời khai tại tòa án trong các trường hợp có liên quan đến người Hồi giáo.[281] Sự khuyết tật này có tính biểu tượng. Một trong những mô tả của Bernard Lewis là "làm suy nhồi nhất"[282] Mặt khác, người Do Thái hiếm khi đối mặt với tử vì đạo hoặc đày ải, hoặc bị cưỡng bách thay đổi tôn giáo của họ, và họ hầu như được tự do lựa chọn nơi cư trú và nghề nghiệp.[283] là yêu cầu phải mặc quần áo khác biệt. Mặt khác, người Do Thái ít khi phải đối mặt với án tử đạo hoặc bị lưu đày, hoặc bắt buộc phải thay đổi tôn giáo của họ, và họ hầu như được tự do lựa chọn nơi ở và nghề nghiệp.[283]

Các trường hợp ngoại lệ đáng chú ý bao gồm vụ thảm sát người Do Thái và bắt buộc người Do Thái phải cải đạo bởi các nhà cai trị thuộc triều đại Almohad ở Al-Andalus vào thế kỷ XII,[284] cũng như là ở Hồi giáo Ba Tư,[285] và sự ép buộc cưỡng bách người Do Thái Ma Rốc vào các khu phố được gọi là mellahs bắt đầu từ thế kỷ XV và đặc biệt vào đầu thế kỷ XIX.[286] Trong thời hiện đại, chủ đề bài Do Thái trở thành một tiêu chuẩn để kết hợp với các ấn phẩm chống lại người Do Thái và các tuyên bố từ các phong trào Hồi giáo như Hezbollah và Hamas, trong các tuyên bố của các cơ quan khác nhau của Cộng hòa Hồi giáo Iran, thậm chí trong các tờ báo và các ấn phẩm khác của Thổ Nhĩ Kỳ Refah Partisi. "[287]

Trong suốt chiều dài lịch sử, nhiều nhà cai trị, các đế quốc và các quốc gia đã đàn áp quần chúng Do Thái của họ hoặc tìm cách để loại bỏ hoàn toàn nhân dân Do Thái. Các phương pháp được sử dụng bao gồm từ việc trục xuất Do Thái sang diệt chủng Do Thái hoàn toàn; trong các quốc gia, thường những đe dọa của những phương pháp cực đoan này đủ để làm im lặng sự bất đồng quan điểm. Lịch sử của chủ nghĩa bài Do Thái bao gồm cuộc thập tự chinh đệ nhất dẫn đến cuộc tàn sát người Do Thái;[277] cuộc bách đạo Tây Ban Nha (dẫn đầu bởi Tomás de Torquemada) và cuộc bách đạo Bồ Bào Nha, với cuộc đàn áp và hành động đức tin để chống lại những người Kitô hữu Mới và người Do Thái Marrano;[288] vụ thảm sát Bohdan Chmielnicki Cossack ở Ukraine;[289] những vụ tàn sát Pogrom được hậu thuẫn bởi các Sa hoàng Nga;[290] cũng như những vụ trục xuất người Do Thái rời khỏi Tây Ban Nha, Bồ Đào Nha, Anh, Pháp, Đức và các quốc gia khác mà người Do Thái đã định cư.[278] Theo một nghiên cứu năm 2008 được công bố trên tạp chí Journal of Human Genetics của Mỹ, 19,8% dân số Iberia hiện đại có tổ tiên là người Do Thái Sephardi,[291] cho biết rằng số lượng người Do Thái cải đạo có thể đã cao hơn nhiều so với dự kiến ban đầu.[292][293]

Cuộc đàn áp người Do Thái đạt đến đỉnh cao trong Giải pháp cuối cùng của Đức Quốc Xã Nazi, dẫn đến việc diệt chủng người Do Thái Holocaust và giết mổ khoảng 6 triệu người Do Thái.[294] Trong số 15 triệu người Do Thái trên khắp toàn thế giới vào năm 1939, hơn 1/3 số người Do Thái bị giết trong nạn diệt chủng người Do Thái Holocaust.[295][296]

Nạn diệt chủng người Do Thái Holocaust là những cuộc khủng bố và những vụ diệt chủng người Do Thái Châu Âu mang tính chất hệ thống của nhà nước (và một số cộng đồng người Do Thái Bắc Phi bị kiểm soát tại Bắc Phi) và các nhóm dân tộc châu Âu thiểu số khác trong Thế Chiến thứ II do Đức và các đồng minh của Đức đã gây ra thì ngày nay vẫn là dấu ấn lịch sử nổi bật nhất về sự đàn áp bách hại chống lại người Do Thái.[297] Cuộc bức hại và diệt chủng người Do Thái đã được thực hiện theo từng giai đoạn. Tạo ra những bộ luật mới để loại bỏ người Do Thái hoàn toàn khỏi xã hội dân sự và đã được ban hành nhiều năm trước khi Thế Chiến thứ II bùng nổ ra.[298] Các trại tập trung được thành lập với mục đích sử dụng sức lao động của các tù nhân người Do Thái làm nô lệ cho đến khi các phạm nhân người Do Thái chết vì bị kiệt sức hoặc bị trúng bệnh tật.[299] Trường hợp Đế chế thứ ba chinh phục các lãnh thổ mới nằm ở vùng Đông Âu, các đơn vị chuyên biệt được gọi là Einsatzgruppen đã giết hại người Do Thái và các đối thủ chính trị người Do Thái trong các vụ nổ súng hàng loạt.[300]

Hầu như mọi cánh tay của bộ máy quan liêu chính phủ Đức đều tham gia vào việc hậu thuẫn cho các vụ giết người hàng loạt, biến quốc gia Đức thành cái mà một học giả Holocaust phải thốt nên là "một dân tộc diệt chủng."[301]